生命情報向けの機械学習入門

この資料は、新学術領域「先進ゲノム支援」中級講習 (2018年11月実施) のために作成しました。

このコースでは、機械学習を利用したクラス分類問題を、実問題を利用して一通り問いてみることに焦点をあてます。まず前半は、酵母の表現型データベースである、SCMD (Saccaromices cerevisiae Morphology Database) (Ohya, Sese et al. PNAS 2005, Saito et al. NAR 2004) のデータを利用して、酵母の画像（および、画像から抽出した特徴量）から、各細胞の細胞周期を同定する機械学習を実施します。後半は、世界のChIP-seqデータ(転写因子結合サイト実験)を収集し解析したデータベースであるChIP-Atlas (Oki et al. EMBO reports 2018) から、一次解析の終了したChIP-seqデータを基に、転写因子結合の有無を予測します。