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function [stack, str]= leer_img(nombre, tipoImg, ruta, orientar)
if nargin<4, orientar=true; end
str = []; stack = [];
tipo.rf = tipoImg;
[~,~, e] = fileparts(nombre);
tipo.fmt=lower(e(2:end));
if strcmp(tipo.fmt,'bmp')
if nargin<3, ruta = fileparts(nombre); end
lis=dir([ruta filesep '*.bmp']);
num=numel(lis);
if num==0, return; end
for i=1:num, stack(i,:,:)= imread([ruta filesep lis(i).name]); end
vs = [1 1 1];
stack = entre0y1(double(stack));
if orientar,
stack=orientation(stack,tipo.rf);
for i=1:size(stack,2),
stackps (:,size(stack,2)-i+1,:) = rot90(squeeze(stack(:,i,:)),3);
end
else
stackps=stack;
end
%origin = [size(stackps,1)/2, size(stackps,2)/2,size(stackps,3)/2];
str = nifticreate (stackps, 2, vs); %, origin); quiza habría que modificar el header para especificar el centro, como lo hace save_nii_hdr
elseif strcmp(tipo.fmt,'ima')
if nargin<3, ruta = fileparts(nombre); end
lis=dir([ruta filesep '*.IMA']);
num=numel(lis);
if num==0, return; end
for i=1:num, stack(i,:,:)= dicomread([ruta filesep lis(i).name]); end
vs = [1 1 1];
stack = entre0y1(double(stack));
if orientar,
stack=orientation(stack,tipo.rf);
for i=1:size(stack,2),
stackps (:,size(stack,2)-i+1,:) = rot90(squeeze(stack(:,i,:)),3);
end
else
stackps=stack;
end
%origin = [size(stackps,1)/2, size(stackps,2)/2,size(stackps,3)/2];
str = nifticreate (stackps, 2, vs); %, origin); quiza habría que modificar el header para especificar el centro, como lo hace save_nii_hdr
elseif strcmp(tipo.fmt,'dcm')
img = dicomread(nombre);
info = dicominfo(nombre);
vs = [1 1 1];
if isfield(info,'PixelSpacing'),
vs(1)= info.PixelSpacing(1);
vs(2)= info.PixelSpacing(2);
end
if isfield(info,'SliceThickness'),
vs(3) = info.SliceThickness;
end
if ismatrix(img)
clear img
ruta = fileparts(nombre);
lis=dir([ruta filesep '*.dcm']);
num=numel(lis);
if num==0, return; end
for i=1:num, img(i,:,:)= dicomread([ruta filesep lis(i).name]); end
end
stack = entre0y1(double(squeeze(img)));
if orientar,
[stack,ord]=orientation(stack,tipo.rf);
for i=1:size(stack,2),
stackps (:,size(stack,2)-i+1,:) = rot90(squeeze(stack(:,i,:)),3);
end
else
stackps=stack;
ord=[1 2 3];
end
[~,ordsort]=sort(abs(ord));
%origin = [size(stack,3)/2, size(stack,2)/2,size(stack,1)/2];
vsn(3)=vs(ordsort(1));vsn(2)=vs(ordsort(2));vsn(1)=vs(ordsort(3));
str = nifticreate (stackps, 2, vsn);%, origin); Lo mismo aqui
elseif strcmp(tipo.fmt,'nii') || strcmp (tipo.fmt, 'hdr')
str = niftiread(nombre);
stack = entre0y1(double(str.img));
if orientar, stack=orientation(stack,tipo.rf); end
elseif strcmp(tipo.fmt,'a00')
if nargin<3, ruta = fileparts(nombre); end
cd(ruta)
info = interfileinfo(nombre) ;
stack = interfileread(nombre);
stack = entre0y1(double(stack));
vs(1)=info.ScalingFactorMmPixel1;
vs(2)=info.ScalingFactorMmPixel2;
vs(3)=info.SliceThicknessPixels;
str=nifticreate(stack,2,vs);
if orientar, stack=orientation(stack,tipo.rf); end
elseif strcmp(tipo.fmt,'mat')
vs = [1 1 1];
stack = tipo.stack ;
stack = entre0y1(double(stack));
if orientar,
stack=orientation(stack,tipo.rf);
for i=1:size(stack,2),
stackps (:,size(stack,2)-i+1,:) = rot90(squeeze(stack(:,i,:)),3);
end
else
stackps=stack;
end
%origin = [size(stackps,1)/2, size(stackps,2)/2,size(stackps,3)/2];
str = nifticreate (stackps, 2, vs); %, origin); quiza habría que modificar el header para especificar el centro, como lo hace save_nii_hdr
end
%% Lee el archivo xml en caso de que la imagen sea de ADNI
% [ruta_tmp,nombre_tmp]=fileparts(nombre);
% adni=~isempty(regexp(nombre_tmp,'ADNI','ONCE'));
% ppmi=~isempty(regexp(nombre_tmp,'PPMI','ONCE'));
% if or(adni,ppmi)
% listxml=dir([ruta_tmp '*.xml']);
% try
% i=1;
% while isempty(regexp(listxml(i).name,nombre_tmp(end-10:end), 'once'))
% i=i+1;
% if i==numel(listxml)
% break
% end
% end
% file=nombre_tmp;
% filexml=listxml(i).name;
% [infor]=read_info(file,filexml,ruta_tmp);
% if isfield(infor.project.subject,'subjectInfo')
% clases=infor.project.subject.subjectInfo(1).CONTENT;
% subject_id=infor.project.subject.subjectIdentifier;
% else
% clases=infor.project.subject.researchGroup;
% subject_id=infor.project.subject.subjectIdentifier;
% end
% str.class_label=clases;
% str.subject_id=subject_id;
% str.adnic.adni=adni;
% str.adnic.ppmi=ppmi;
% catch
% msgbox('los archivos xml deben estar contenidos en el mismo directorio si quiere leer la info')
% end
% end
%%
if isstruct (str), str.format = tipo.fmt; end
end
function [in]=read_info(brain_op,bnamxml_op,directorio)
if strcmp(brain_op(end-3:end),bnamxml_op(end-7:end-4))
name_xml=bnamxml_op;
else
return
end
inform='info.xml';
copyfile([directorio name_xml],inform)
in=xml_read(inform);fprintf('.')
delete(inform);
clear name_xml
end
function img = entre0y1(img)
img(isnan(img))=0;
img = img - min(img(:));
img = img / max(img(:));
end