(pp1) vpascalandreu@hpcs04:/hpc/dla_mm/vpascalandreu/VRE_pipeline_validation/pipeline$ conda install poppunk==2.4 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.11.0 latest version: 4.13.0 Please update conda by running $ conda update -n base conda ## Package Plan ## environment location: /hpc/dla_mm/vpascalandreu/tools/miniconda3/envs/pp1 added / updated specs: - poppunk==2.4 The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- apscheduler-3.9.1 | py39hf3d152e_0 82 KB conda-forge cryptography-37.0.4 | py39hd97740a_0 1.5 MB conda-forge flask-2.1.3 | pyhd8ed1ab_0 71 KB conda-forge fonttools-4.34.4 | py39hb9d737c_0 1.6 MB conda-forge glib-tools-2.72.1 | h6239696_0 107 KB conda-forge gunicorn-20.1.0 | py39hf3d152e_2 119 KB conda-forge kiwisolver-1.4.4 | py39hf939315_0 76 KB conda-forge libglib-2.72.1 | h2d90d5f_0 3.1 MB conda-forge libpng-1.6.37 | h753d276_3 331 KB conda-forge libwebp-1.2.3 | h522a892_0 96 KB conda-forge libwebp-base-1.2.3 | h166bdaf_1 392 KB conda-forge libzlib-1.2.12 | h166bdaf_2 63 KB conda-forge networkx-2.8.5 | pyhd8ed1ab_0 1.5 MB conda-forge numpy-1.23.1 | py39hba7629e_0 7.0 MB conda-forge openssl-1.1.1q | h166bdaf_0 2.1 MB conda-forge pip-22.2 | pyhd8ed1ab_0 1.5 MB conda-forge poppunk-2.4.0 | py39h8884e85_2 1.4 MB bioconda pygobject-3.42.2 | py39habf54e5_0 289 KB conda-forge setuptools-63.2.0 | py39hf3d152e_0 1.3 MB conda-forge sqlite-3.39.1 | h4ff8645_0 1.5 MB conda-forge urllib3-1.26.10 | pyhd8ed1ab_0 101 KB conda-forge zlib-1.2.12 | h166bdaf_2 91 KB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 24.5 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge _openmp_mutex conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-2_gnu apscheduler conda-forge/linux-64::apscheduler-3.9.1-py39hf3d152e_0 at-spi2-atk conda-forge/linux-64::at-spi2-atk-2.38.0-h0630a04_3 at-spi2-core conda-forge/linux-64::at-spi2-core-2.40.3-h0630a04_0 atk-1.0 conda-forge/linux-64::atk-1.0-2.36.0-h3371d22_4 boost conda-forge/linux-64::boost-1.74.0-py39h5472131_5 boost-cpp conda-forge/linux-64::boost-cpp-1.74.0-h75c5d50_8 brotli conda-forge/linux-64::brotli-1.0.9-h166bdaf_7 brotli-bin conda-forge/linux-64::brotli-bin-1.0.9-h166bdaf_7 brotlipy conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py39hb9d737c_1004 bzip2 conda-forge/linux-64::bzip2-1.0.8-h7f98852_4 c-ares conda-forge/linux-64::c-ares-1.18.1-h7f98852_0 ca-certificates conda-forge/linux-64::ca-certificates-2022.6.15-ha878542_0 cached-property conda-forge/noarch::cached-property-1.5.2-hd8ed1ab_1 cached_property conda-forge/noarch::cached_property-1.5.2-pyha770c72_1 cairo conda-forge/linux-64::cairo-1.16.0-ha61ee94_1011 cairomm conda-forge/linux-64::cairomm-1.12.2-ha770c72_4 cairomm-1.0 conda-forge/linux-64::cairomm-1.0-1.12.2-h96a316c_4 certifi conda-forge/linux-64::certifi-2022.6.15-py39hf3d152e_0 cffi conda-forge/linux-64::cffi-1.15.1-py39he91dace_0 charset-normalizer conda-forge/noarch::charset-normalizer-2.1.0-pyhd8ed1ab_0 click conda-forge/linux-64::click-8.1.3-py39hf3d152e_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.5-pyhd8ed1ab_0 cryptography conda-forge/linux-64::cryptography-37.0.4-py39hd97740a_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.11.0-pyhd8ed1ab_0 dbus conda-forge/linux-64::dbus-1.13.6-h5008d03_3 dendropy bioconda/noarch::dendropy-4.5.2-pyh3252c3a_0 docopt conda-forge/noarch::docopt-0.6.2-py_1 epoxy conda-forge/linux-64::epoxy-1.5.10-h166bdaf_1 expat conda-forge/linux-64::expat-2.4.8-h27087fc_0 flask conda-forge/noarch::flask-2.1.3-pyhd8ed1ab_0 flask-apscheduler conda-forge/noarch::flask-apscheduler-1.12.3-pyhd8ed1ab_1 flask-cors conda-forge/noarch::flask-cors-3.0.10-pyhd8ed1ab_0 font-ttf-dejavu-s~ conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0 font-ttf-inconsol~ conda-forge/noarch::font-ttf-inconsolata-3.000-h77eed37_0 font-ttf-source-c~ conda-forge/noarch::font-ttf-source-code-pro-2.038-h77eed37_0 font-ttf-ubuntu conda-forge/noarch::font-ttf-ubuntu-0.83-hab24e00_0 fontconfig conda-forge/linux-64::fontconfig-2.14.0-h8e229c2_0 fonts-conda-ecosy~ conda-forge/noarch::fonts-conda-ecosystem-1-0 fonts-conda-forge conda-forge/noarch::fonts-conda-forge-1-0 fonttools conda-forge/linux-64::fonttools-4.34.4-py39hb9d737c_0 freetype conda-forge/linux-64::freetype-2.10.4-h0708190_1 fribidi conda-forge/linux-64::fribidi-1.0.10-h36c2ea0_0 gdk-pixbuf conda-forge/linux-64::gdk-pixbuf-2.42.8-hff1cb4f_0 gettext conda-forge/linux-64::gettext-0.19.8.1-h73d1719_1008 giflib conda-forge/linux-64::giflib-5.2.1-h36c2ea0_2 glib-tools conda-forge/linux-64::glib-tools-2.72.1-h6239696_0 gmp conda-forge/linux-64::gmp-6.2.1-h58526e2_0 graph-tool conda-forge/linux-64::graph-tool-2.45-py39h7b6895e_2 graph-tool-base conda-forge/linux-64::graph-tool-base-2.45-py39h2fa1a2d_2 graphite2 conda-forge/linux-64::graphite2-1.3.13-h58526e2_1001 gtk3 conda-forge/linux-64::gtk3-3.24.34-h13ada96_0 gunicorn conda-forge/linux-64::gunicorn-20.1.0-py39hf3d152e_2 h5py conda-forge/linux-64::h5py-3.7.0-nompi_py39h63b1161_100 harfbuzz conda-forge/linux-64::harfbuzz-4.4.1-hf9f4e7c_0 hdbscan conda-forge/linux-64::hdbscan-0.8.28-py39hce5d2b2_1 hdf5 conda-forge/linux-64::hdf5-1.12.1-nompi_h2386368_104 hicolor-icon-theme conda-forge/linux-64::hicolor-icon-theme-0.17-ha770c72_2 icu conda-forge/linux-64::icu-70.1-h27087fc_0 idna conda-forge/noarch::idna-3.3-pyhd8ed1ab_0 importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-4.11.4-py39hf3d152e_0 itsdangerous conda-forge/noarch::itsdangerous-2.1.2-pyhd8ed1ab_0 jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-3.1.2-pyhd8ed1ab_1 joblib conda-forge/noarch::joblib-1.1.0-pyhd8ed1ab_0 jpeg conda-forge/linux-64::jpeg-9e-h166bdaf_2 keyutils conda-forge/linux-64::keyutils-1.6.1-h166bdaf_0 kiwisolver conda-forge/linux-64::kiwisolver-1.4.4-py39hf939315_0 krb5 conda-forge/linux-64::krb5-1.19.3-h3790be6_0 lcms2 conda-forge/linux-64::lcms2-2.12-hddcbb42_0 ld_impl_linux-64 conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.36.1-hea4e1c9_2 lerc conda-forge/linux-64::lerc-3.0-h9c3ff4c_0 libblas conda-forge/linux-64::libblas-3.9.0-15_linux64_openblas libbrotlicommon conda-forge/linux-64::libbrotlicommon-1.0.9-h166bdaf_7 libbrotlidec conda-forge/linux-64::libbrotlidec-1.0.9-h166bdaf_7 libbrotlienc conda-forge/linux-64::libbrotlienc-1.0.9-h166bdaf_7 libcblas conda-forge/linux-64::libcblas-3.9.0-15_linux64_openblas libcups conda-forge/linux-64::libcups-2.3.3-hf5a7f15_1 libcurl conda-forge/linux-64::libcurl-7.83.1-h7bff187_0 libdeflate conda-forge/linux-64::libdeflate-1.12-h166bdaf_0 libedit conda-forge/linux-64::libedit-3.1.20191231-he28a2e2_2 libev conda-forge/linux-64::libev-4.33-h516909a_1 libffi conda-forge/linux-64::libffi-3.4.2-h7f98852_5 libgcc-ng conda-forge/linux-64::libgcc-ng-12.1.0-h8d9b700_16 libgfortran-ng conda-forge/linux-64::libgfortran-ng-12.1.0-h69a702a_16 libgfortran5 conda-forge/linux-64::libgfortran5-12.1.0-hdcd56e2_16 libgirepository conda-forge/linux-64::libgirepository-1.72.0-h26ff761_1 libglib conda-forge/linux-64::libglib-2.72.1-h2d90d5f_0 libgomp conda-forge/linux-64::libgomp-12.1.0-h8d9b700_16 libiconv conda-forge/linux-64::libiconv-1.16-h516909a_0 liblapack conda-forge/linux-64::liblapack-3.9.0-15_linux64_openblas libnghttp2 conda-forge/linux-64::libnghttp2-1.47.0-h727a467_0 libnsl conda-forge/linux-64::libnsl-2.0.0-h7f98852_0 libopenblas conda-forge/linux-64::libopenblas-0.3.20-pthreads_h78a6416_0 libpng conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-h753d276_3 librsvg conda-forge/linux-64::librsvg-2.54.4-h7abd40a_0 libssh2 conda-forge/linux-64::libssh2-1.10.0-ha56f1ee_2 libstdcxx-ng conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-12.1.0-ha89aaad_16 libtiff conda-forge/linux-64::libtiff-4.4.0-hc85c160_1 libuuid conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h7f98852_1000 libwebp conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 libwebp-base conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1 libxcb conda-forge/linux-64::libxcb-1.13-h7f98852_1004 libxml2 conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.14-h22db469_3 libzlib conda-forge/linux-64::libzlib-1.2.12-h166bdaf_2 lz4-c conda-forge/linux-64::lz4-c-1.9.3-h9c3ff4c_1 markupsafe conda-forge/linux-64::markupsafe-2.1.1-py39hb9d737c_1 matplotlib-base conda-forge/linux-64::matplotlib-base-3.5.2-py39h700656a_0 munkres conda-forge/noarch::munkres-1.1.4-pyh9f0ad1d_0 ncurses conda-forge/linux-64::ncurses-6.3-h27087fc_1 networkx conda-forge/noarch::networkx-2.8.5-pyhd8ed1ab_0 numpy conda-forge/linux-64::numpy-1.23.1-py39hba7629e_0 openblas conda-forge/linux-64::openblas-0.3.20-pthreads_h320a7e8_0 openjpeg conda-forge/linux-64::openjpeg-2.4.0-hb52868f_1 openssl conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1q-h166bdaf_0 packaging conda-forge/noarch::packaging-21.3-pyhd8ed1ab_0 pandas conda-forge/linux-64::pandas-1.4.3-py39h1832856_0 pango conda-forge/linux-64::pango-1.50.8-hbd2fdc8_0 pcre conda-forge/linux-64::pcre-8.45-h9c3ff4c_0 pillow conda-forge/linux-64::pillow-9.2.0-py39hae2aec6_0 pip conda-forge/noarch::pip-22.2-pyhd8ed1ab_0 pixman conda-forge/linux-64::pixman-0.40.0-h36c2ea0_0 poppunk bioconda/linux-64::poppunk-2.4.0-py39h8884e85_2 pp-sketchlib conda-forge/linux-64::pp-sketchlib-2.0.0-py39h23cb127_0 pthread-stubs conda-forge/linux-64::pthread-stubs-0.4-h36c2ea0_1001 pycairo conda-forge/linux-64::pycairo-1.21.0-py39h0934665_1 pycparser conda-forge/noarch::pycparser-2.21-pyhd8ed1ab_0 pygobject conda-forge/linux-64::pygobject-3.42.2-py39habf54e5_0 pyopenssl conda-forge/noarch::pyopenssl-22.0.0-pyhd8ed1ab_0 pyparsing conda-forge/noarch::pyparsing-3.0.9-pyhd8ed1ab_0 pysocks conda-forge/linux-64::pysocks-1.7.1-py39hf3d152e_5 python conda-forge/linux-64::python-3.9.13-h9a8a25e_0_cpython python-dateutil conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.2-pyhd8ed1ab_0 python_abi conda-forge/linux-64::python_abi-3.9-2_cp39 pytz conda-forge/noarch::pytz-2022.1-pyhd8ed1ab_0 rapidnj bioconda/linux-64::rapidnj-2.3.2-h9f5acd7_2 readline conda-forge/linux-64::readline-8.1.2-h0f457ee_0 requests conda-forge/noarch::requests-2.28.1-pyhd8ed1ab_0 scikit-learn conda-forge/linux-64::scikit-learn-1.1.1-py39h4037b75_0 scipy conda-forge/linux-64::scipy-1.8.1-py39he49c0e8_0 setuptools conda-forge/linux-64::setuptools-63.2.0-py39hf3d152e_0 sigcpp-2.0 conda-forge/linux-64::sigcpp-2.0-2.10.7-h9c3ff4c_1 six conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0 sparsehash conda-forge/linux-64::sparsehash-2.0.4-h9c3ff4c_0 sqlite conda-forge/linux-64::sqlite-3.39.1-h4ff8645_0 threadpoolctl conda-forge/noarch::threadpoolctl-3.1.0-pyh8a188c0_0 tk conda-forge/linux-64::tk-8.6.12-h27826a3_0 tqdm conda-forge/noarch::tqdm-4.64.0-pyhd8ed1ab_0 tzdata conda-forge/noarch::tzdata-2022a-h191b570_0 tzlocal conda-forge/noarch::tzlocal-2.1-pyh9f0ad1d_0 unicodedata2 conda-forge/linux-64::unicodedata2-14.0.0-py39hb9d737c_1 urllib3 conda-forge/noarch::urllib3-1.26.10-pyhd8ed1ab_0 werkzeug conda-forge/noarch::werkzeug-2.1.2-pyhd8ed1ab_1 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.37.1-pyhd8ed1ab_0 xorg-compositepro~ conda-forge/linux-64::xorg-compositeproto-0.4.2-h7f98852_1001 xorg-damageproto conda-forge/linux-64::xorg-damageproto-1.2.1-h7f98852_1002 xorg-fixesproto conda-forge/linux-64::xorg-fixesproto-5.0-h7f98852_1002 xorg-inputproto conda-forge/linux-64::xorg-inputproto-2.3.2-h7f98852_1002 xorg-kbproto conda-forge/linux-64::xorg-kbproto-1.0.7-h7f98852_1002 xorg-libice conda-forge/linux-64::xorg-libice-1.0.10-h7f98852_0 xorg-libsm conda-forge/linux-64::xorg-libsm-1.2.3-hd9c2040_1000 xorg-libx11 conda-forge/linux-64::xorg-libx11-1.6.12-h36c2ea0_0 xorg-libxau conda-forge/linux-64::xorg-libxau-1.0.9-h7f98852_0 xorg-libxaw conda-forge/linux-64::xorg-libxaw-1.0.14-h7f98852_0 xorg-libxcomposite conda-forge/linux-64::xorg-libxcomposite-0.4.5-h7f98852_0 xorg-libxcursor conda-forge/linux-64::xorg-libxcursor-1.2.0-h516909a_0 xorg-libxdamage conda-forge/linux-64::xorg-libxdamage-1.1.5-h7f98852_0 xorg-libxdmcp conda-forge/linux-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h7f98852_0 xorg-libxext conda-forge/linux-64::xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0 xorg-libxfixes conda-forge/linux-64::xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004 xorg-libxi conda-forge/linux-64::xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0 xorg-libxinerama conda-forge/linux-64::xorg-libxinerama-1.1.4-h9c3ff4c_1001 xorg-libxmu conda-forge/linux-64::xorg-libxmu-1.1.3-h516909a_0 xorg-libxpm conda-forge/linux-64::xorg-libxpm-3.5.13-h516909a_0 xorg-libxrandr conda-forge/linux-64::xorg-libxrandr-1.5.2-h516909a_1 xorg-libxrender conda-forge/linux-64::xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002 xorg-libxt conda-forge/linux-64::xorg-libxt-1.1.5-h516909a_1003 xorg-libxtst conda-forge/linux-64::xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002 xorg-randrproto conda-forge/linux-64::xorg-randrproto-1.5.0-h7f98852_1001 xorg-recordproto conda-forge/linux-64::xorg-recordproto-1.14.2-h7f98852_1002 xorg-renderproto conda-forge/linux-64::xorg-renderproto-0.11.1-h7f98852_1002 xorg-util-macros conda-forge/linux-64::xorg-util-macros-1.19.3-h7f98852_0 xorg-xextproto conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h7f98852_1002 xorg-xproto conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h7f98852_1007 xz conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_1 zipp conda-forge/noarch::zipp-3.8.0-pyhd8ed1ab_0 zlib conda-forge/linux-64::zlib-1.2.12-h166bdaf_2 zstandard conda-forge/linux-64::zstandard-0.18.0-py39hb9d737c_0 zstd conda-forge/linux-64::zstd-1.5.2-h8a70e8d_2 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages poppunk-2.4.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% cryptography-37.0.4 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% openssl-1.1.1q | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% urllib3-1.26.10 | 101 KB | ############################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.72.1 | 3.1 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% flask-2.1.3 | 71 KB | ############################################################################################################################################################## | 100% fonttools-4.34.4 | 1.6 MB | 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############################################################################################################################################################## | 100% setuptools-63.2.0 | 1.3 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% libwebp-1.2.3 | 96 KB | ############################################################################################################################################################## | 100% libzlib-1.2.12 | 63 KB | ############################################################################################################################################################## | 100% sqlite-3.39.1 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% networkx-2.8.5 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: | SafetyError: The package for dendropy located at /hpc/dla_mm/vpascalandreu/tools/miniconda3/pkgs/dendropy-4.5.2-pyh3252c3a_0 appears to be corrupted. The path 'site-packages/dendropy/datamodel/treemodel.py' has an incorrect size. reported size: 280757 bytes actual size: 280758 bytes ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path. packages: conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1, conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 path: 'share/man/man1/cwebp.1' ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path. packages: conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1, conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 path: 'share/man/man1/dwebp.1' ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path. packages: conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1, conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 path: 'share/man/man1/img2webp.1' ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path. packages: conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1, conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 path: 'share/man/man1/webpinfo.1' ClobberError: This transaction has incompatible packages due to a shared path. packages: conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.2.3-h166bdaf_1, conda-forge/linux-64::libwebp-1.2.3-h522a892_0 path: 'share/man/man1/webpmux.1' done Executing transaction: / | | done