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<title>Laboratory of Computational Molecular Biology, BNU</title>
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<article>
<header>
<h1>Laboratory of Computational Molecular Biology</h1>
<h2>College of Life Sciences, Beijing Normal University</h2>
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<nav>
<ul>
<li><a href="index.html">Home</a></li>
<li><a href="faculty.html">Faculty</a></li>
<li><a href="students.html">Students</a></li>
<li><a href="research.html">Research Areas</a></li>
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<li><a href="contact.html">Contact Us</a></li>
</ul>
</nav>
<aside>
<h3>Online Applications</h3>
<ul>
<li><a href="http://cmb.bnu.edu.cn/SPIDer/">SPIDer</a></li>
<li><a href="http://cmb.bnu.edu.cn/pdart/">PDART</a></li>
<li><a href="http://cmb.bnu.edu.cn/BPhyOG/">BPhyOG</a></li>
<li><a href="http://cmb.bnu.edu.cn/BindingR/">BindingR</a></li>
<li><a href="http://cmb.bnu.edu.cn/hrss/">HRSS</a></li>
</ul>
<h3>Links</h3>
<ul>
<li><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/">NCBI</a></li>
<li><a href="http://www.ensembl.org/">Ensembl</a></li>
<li><a href="http://www.geneontology.org/">Gene Ontology</a></li>
<li><a href="http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/">Pfam</a></li>
<li><a href="http://www.ebi.uniprot.org/">UniProt</a></li>
<li><a href="http://www.bnu.edu.cn/">Beijing Normal University</a></li>
<li><a href="http://cls.bnu.edu.cn/">College of Life Sciences, BNU</a></li>
<li><a href="http://ecology.bnu.edu.cn/">Institute of Ecology, BNU</a></li>
</ul>
</aside>
<div id="main">
<h3>News & Events</h3>
<ul>
<li>
<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2016_2015')">2016-2015</a></p>
<div id="list_2016_2015">
<h4>2015-12 Awards</h4>
<p>
热烈祝贺我实验室李佳旺凭借其剧本作品《基因黑客》入围第七届国家新闻出版广电总局电影局“扶持青年优秀电影剧作计划”。[<a href="./images/lijiawang.jpg" target="_blank">More details</a>]
</p>
<h4>2015-12-17 Publication</h4>
<p>
<span class="author our_author">Zhang Y C, Lin K.</span>(2015).
Phylogeny Inference of Closely Related Bacterial Genomes: Combining the Features of Both Overlapping Genes and Collinear Genomic Regions[J]. <span class="journal_title">Evolutionary Bioinformatics</span> , 2015, 11(Suppl 2): 1.
[<a href="http://www.la-press.com/phylogeny-inference-of-closely-related-bacterial-genomes-combining-the-article-a5275-abstract?article_id=5275">Online Text</a>]
</p>
<h4>2015-12-10 Publication</h4>
<p>
<span class="author our_author">Zhang Y C, Zhang Y, Zhu B R, et al.</span>
Genome sequences of two closely related strains of Escherichia coli K-12 GM4792[J]. <span class="journal_title"> Standards in Genomic Sciences </span> , 2015, 10(1): 1-9.
[<a href="http://www.standardsingenomics.com/content/10/1/125">Online Text</a>]
</p>
<h4>2015-12-02 Publication</h4>
<p>
<span class="our_author">Ma MY, Che XR, Porceddu A</span>, <span class="author our_author">Niu DK</span> (December 2015).
Evaluation of the mechanisms of intron loss and gain in the social amoebae Dictyostelium. <span class="journal_title"> BMC Evolutionary Biology </span>. 115: 286.
[<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12862-015-0567-y">Online Text</a>]
</p>
<h4>2015-11-16/2015-11-18 News</h4>
<p>
曹慧芬、张艳聪、张博文、刘兵四人赴广东深圳参加由Nature Genetics杂志、中国农业科学院、中国科学院、福建农林大学，深圳市政府等主办的第二届国际农业基因组学大会。大会圆满结束！学生同NG主编亲切交谈学术问题，收获颇丰。
</p>
<h4>2015-10-22/2015-10-25 News</h4>
<p>
张博文、郝雨、刘兵、孙莹、韩夏、周婕及本科生黄程、李程八人赴深圳参加由深圳华大基因研究院主办的第十届国际基因组学大会 (ICG-10)。
</p>
<h4>2015-09-06 Publication</h4>
<p>
<span class="our_author">Pang E, Cao H, Zhang B</span>, <span class="author our_author">Lin, K</span>. Crop Genome Annotation: A Case Study for the Brassica rapa Genome[M]//<span class="journal_title">The Brassica rapa Genome</span>. Springer Berlin Heidelberg, 2015: 53-64.
[<a href="http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-662-47901-8_5">Online Text</a>]
</p>
<h4>2015-06-26 Graduation</h4>
<p>
祝贺我实验室四名同学顺利毕业！祝他们事业有成，前程似锦！<br />
博士研究生: 刘婷、朱涛<br/>硕士研究生: 段文慧、刘亨元
</p>
<h4>2015-04-15/2015-04-17 News</h4>
<p>
刘婷、曹慧芬、张艳聪、宋佳、李佳旺、张博文、郝雨和林魁老师、庞尔丽老师、宋宏涛老师一同参加由中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会主办的全国计算生物学与生物信息学学术会议，林魁老师作为主持人出席会议。
</p>
</p>
<h4>2015-05-27 Publication</h4>
<p>
<span class="our_author">Ma MY, Zhu T, Li XN, Lan XR, Liu HY, Yang YF</span>, <span class="author our_author">Niu DK </span>(May 2015).
Imprecise intron losses are less frequent than precise intron losses but are not rare in plants.<span class="journal_title"> Biology Direct. </span> 10: 24.
[<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s13062-015-0056-7">Online Text</a>]
</p>
<h4>2014-10-12 Publication</h4>
<p>
<span class="our_author">Liu, T.</span>, <span class="author our_author">Lin, K.</span>(2015).
The distribution pattern of genetic variation in the transcript isoforms of the alternatively spliced protein-coding genes in the human genome.<span class="journal_title"> Mol Biosystems. </span> 11(5):1378–1388.
[<a href="http://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2015/mb/c5mb00132c">Online Text</a>]
</p>
<hr/>
</div>
</li>
<li>
<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2015_2014')">2015-2014</a></p>
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<h4>2014-12-01 Awards</h4>
<p>
祝贺我实验室同学在 2014 年度研究生优秀学业奖学金评选中获奖！<br />
校博士二等奖学金：曹慧芬<br />
校硕士二等奖学金：宋佳、周婷、余浩源<br />
</p>
<h4>2014-11-18 News</h4>
<h5>林魁教授赴日参加学术会议</h5>
<p>
2014年11月11日-16日，应日本早稻田大学大学院情报生产系统研究科(Graduate School of Information, Production and Systems, Waseda
University)古月敬之(Jinglu HU)教授的邀请，林魁教授及博士研究生曹慧芬、张艳聪、宋佳同学赴日参加第八届IPS国际合作交流研讨会(ISIPS 2014)，大会旨在为各国信息技术领域的研究者提供交流、学习、合作机会。
曹慧芬和张艳聪同学分获最佳oral presentation 和 poster presentation奖项。会后，林魁教授与日本早稻田大学胡敬炉教授研究室进行学术交流，双方研究室同学就自己所研究的问题进行了深入交流。
</p>
<h4>2014-10-12 Publication</h4>
<p>
Lin, T., Zhu, G., Zhang, J., Xu, X., Yu, Q., Zheng, Z.,…,<span class="our_author">Zhang, Y.C.</span>, <span class="author our_author">Lin, K.</span>,…, Huang, S. (2014).
Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding. <span class="journal_title">Nature Genetics</span>, 46(11), 1220–1226. doi:10.1038/ng.3117
[<a href="http://dx.doi.org/10.1038/ng.3117">Online PDF</a>]
</p>
<h4>2014-09-10 Admission</h4>
<p>
欢迎两位同学加入我实验室！<br />
新同学：张博文、郝雨<br />
</p>
<h4>2014-07-01 Graduation</h4>
<p>
祝贺我实验室四位同学毕业！<br />
毕业生：江丽，张彦；郭玉凤，车黄虎<br />
</p>
<h4>2014-06-05 Publication</h4>
<p>
Jiang, L., Li, X.N. and <span class="author">Niu, D.K.</span>,
(2014) Higher frequency of intron loss from the promoter proximally paused genes of <i>Drosophila melanogaster</i>: Evidence consistent with delays in intron splicing as a selective force.
<span class="journal_title">Fly</span> 8:120-125
[<a href="https://www.landesbioscience.com/journals/fly/article/29489/">Online PDF</a>]
</p>
<h4>2014-01-17 Publication</h4>
<p>
<span class="author our_author">Lin, K.</span>, Limpens, E., Zhang, Z.H, Ivanov, S., Saunders, DGO., Mu, D.S.,
<span class="our_author">Pang, E.L.</span>, <span class="our_author">Cao, H.F.</span>, <span class="our_author">Cha, H.H.</span>, Lin, T., Zhou, Q., Shang, Y., Li, Y.,
Sharma, T., Velzen, R.V., Ruijter, N., Aanen, D.K., Win, J., Kamoun, S., Bisseling, T., Geurts, R., Huang, S.W.
(2014) Single Nucleus Genome Sequencing Reveals High Similarity among Nuclei of an Endomycorrhizal Fungus.
<span class="journal_title">PLoS Genet</span> 10(1): e1004078. doi:10.1371/journal.pgen.1004078
[<a href="http://dx.plos.org/10.1371/journal.pgen.1004078">Online PDF</a>]
</p>
<hr/>
</div>
</li>
<li>
<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2013_2012')">2013-2012</a></p>
<div title="previous_list" id="list_2013_2012">
<h4>2013-12-25 Awards</h4>
<p>
祝贺我实验室同学在 2013 年度研究生优秀学业奖学金评选中获奖！<br />
国家奖学金： 张彦、朱涛<br />
校博士一等奖学金：江丽<br />
校硕士一等奖学金：张艳聪、刘亨元<br />
校硕士二等奖学金：段文慧<br />
</p>
<h4>2013-12-06 News</h4>
<h5>实验室与华东师范大学、杭州师范大学联合举办基因组进化研讨会</h5>
<p>
12月5日-6日，华东师范大学科学技术跨学科高等研究院的董东老师和杭州师范大学生命与环境科学学院的吴晓梅老师应邀来到实验室，
与老师和同学们开展学术交流，并联合举办了一场基因组进化研讨会。来自中国科学院植物研究所的郭洁老师和遗传发育所的杨宇飞老师也应邀参加了该讨论会。
一共有 9 名老师与研究生做了精彩的学术报告。今后实验室将与兄弟高校和科研院所展开更密切的合作。
</p>
<h4>2013-11-17 News</h4>
<h5>林魁教授赴日参加学术交流</h5>
<p>
2013年11月9日-17日，林魁教授及研究生张艳聪同学赴日本参加第七届IPS国际合作交流研讨会(IPS-ICS)，大会旨在为各国信息技术领域的研究者提供交流、学习、合作机会。
会后，林魁教授与日本早稻田大学胡敬炉教授实验室进行学术交流，并做出精彩报告。
</p>
<h4>2013-09-22 News</h4>
<p>
2013年9月18日-21日，牛登科教授及两名研究生在哈尔滨医科大学参加了中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术讨论会，
大会主题为“创新遗传学研究促进生物产业发展”，全国各地的专家学者代表分别作了精彩的报告。
</p>
<h4>2013-09-14 Admission</h4>
<p>
欢迎四位同学加入我实验室！<br />
新同学：宋佳，李佳旺，余浩源，周婷<br />
</p>
<h4>2013-04-17 Publication</h4>
<p>
Zhu T and Niu DK (2013). Mechanisms of intron loss and gain in the fission yeast Schizosaccharomyces.
PLOS ONE, doi:10.1371/journal.pone.0061683.
</p>
<h4>2013-03-16 Publication</h4>
<p>
Yang YF, Zhu T and Niu DK (2013). Association of intron loss with high mutation rate in Arabidopsis: Implications for genome size evolution.
Genome Biology and Evolution, doi: 10.1093/gbe/evt043.
</p>
<h4>2013-03-05 Publication</h4>
<p>
Zhu T and Niu DK (2013). Frequency of intron loss correlates with processed pseudogene abundance:
a novel strategy to test the reverse transcriptase model of intron loss.
BMC Biology, doi:10.1186/1741-7007-11-23.
</p>
<h4>2012-12-22 Publication</h4>
<p>
Niu DK and Jiang L (2013). Can ENCODE tell us how much junk DNA we carry in our genome?
Biochemical and Biophysical Research Communications, doi:10.1016/j.bbrc.2012.12.074.
</p>
<h4>2012-11-25 Publication</h4>
<p>
Guo, S.G., Zhang, J.G., Sun, H.H.,..., Tan, T., Pang E.L., Lin K.,..., Fei, Z.J. and Xu, Y. (2012)
The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions.
Nature Genetics, doi:10.1038/ng.2470.
</p>
<h4>2012-09-18 Publication</h4>
<p>
Yan Zhang and Kui Lin (2012).
A phylogenomic analysis of Escherichia coli / Shigella group: implications of genomic
features associated with pathogenicity and ecological adaptation.
BMC Evolutionary Biology, doi:10.1186/1471-2148-12-174.
</p>
<h4>2012-02-13 Publication</h4>
<p>
Erli Pang, Tao Tan and Kui Lin (2012).
Promiscuous domains: facilitating stability of the yeast protein-protein interaction network.
Mol. BioSyst.,doi:10.1039/C1MB05364G.
</p>
<hr/>
</div>
</li>
<li>
<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2011_2010')">2011-2010</a></p>
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<h4>2011-12-10 新闻</h4>
<h5>庞尔丽老师在福建农林师范大学做学术报告</h5>
<p>
12月10号，庞尔丽老师等代表生物信息实验室前往福建农林师范大学进行了为期3天的学术交流。在交流期间，双方就科研上的一些问题进行了深入探讨。
庞老师做了题为“酵母蛋白互作位点预测及互作网络分析"的报告，受到了大家的一致好评。与此同时，福建农林师范大学的何教授及其学生也做了相关报告。
会后，在何教授的带领下，庞老师等参观了实验室建设，为进一步的交流奠定了基础。
</p>
<h4>2011-11-17 新闻</h4>
<h5>林魁教授赴日参加学术交流</h5>
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11月6日－17日，应日本早稻田大学大学院情报生产系统研究科(Graduate School of Information, Production and Systems, Waseda
University)古月敬之(Jinglu HU)教授的邀请，林魁博士和博士研究生张彦同学赴日进行了学术交流并参加了日方主办的国际研讨会。
早稻田大学是日本最著名的私立大学之一，其大学院情报生产系统研究科位于福冈县北九州市学术研究城内。<br /><br />
在11月9日－11日研讨会期间，林老师与来自早稻田大学、马来西亚大学、上海交通大学、复旦大学、东南大学等学校的师生就进化算法、
机器学习等进行了交流与讨论。张彦同学做了关于“基于共线性特征推断大肠杆菌基因组树”的工作介绍。7、8日和12-16日，
林老师和张彦同学与古月敬之教授的实验室师生就各自的研究方向进行了深入的交流。林老师介绍了他们在植物基因组注释与比较分析、
微生物群落基因组学分析以及蛋白质与蛋白质相互作用网络的构建与分析方面的工作；古月敬之教授介绍了他们在支持向量机与回归、
分布估计算法等相关机器学习算法研究以及生物信息学应用等方面的工作。双方重点探讨了将来在生物信息学方面的合作研究事宜。
生物信息学作为一门交叉学科，需要生物学、计算机科学以及数学和统计等不同领域的研究人员共同参与。我们希望此次交流将促进双方进一步的学术合作研究。
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<h4>2010-09-08 News</h4>
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热烈祝贺2009届博士生吴晓梅同学的博士论文“酵母基因组蛋白质相互作用网络的构建与动态分析”被评选为2010年北京市优秀博士学位论文
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<h4>2010-01-18 Seminar</h4>
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应林魁教授邀请，中国农业大学蛋白质生物信息学实验室张子丁教授及学生来我院进行研究生学术交流和学术报告。<br />
<strong>报告时间:</strong> 2010年1月18日 星期一 9:00 <br />
<strong>报告地点:</strong> 北师大生科院生物信息学教室（生地楼机房） <br />
点击详细信息
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<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2009_2008')">2009-2008</a></p>
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<h4>2009-09-20 News</h4>
<h5>同济大学生物信息系招收免试研究生启事</h5>
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同济大学生物信息学系成立于2009年，作为同济大学重点建设的新兴学科之一，拥有以哈佛大学刘小乐教授为首的具有国际一流水平的科研团队，
雄厚的师资力量和充足的经费支持。现面向全国招收2010级免试研究生，所招收的研究生的培养将在中美联合研究团队的共同指导下进行。……点击详细信息<br />
<strong>相关资料</strong>：果蝇的核小体定位与基因调控
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<h4>2009-07-02 Seminar</h4>
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<strong>Title:</strong> Computationally reconstructing the evolutionary history of mammalian genomes<br />
<strong>Speaker:</strong> Dr. Ma Jian, Department of Bioengineering, University of Illinois at Urbana-Champaign<br />
<strong>Venue:</strong> The Bioinformatics Training Center, College of Life Science<br />
<strong>Time:</strong> 16:00-17:30, Friday, 2009-07-10
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<h4>2009-06-27 Graduation & Admission</h4>
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祝贺我实验室八位同学毕业！<br />
毕业生：吴晓梅，郭洁，张珊珊，周玮，赵磊，张冰君，黄一飞，吕杰<br />
欢迎五位同学加入我实验室！<br />
新同学：黄伟奇，张彦，李明，江丽，李俊娥<br />
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<h4>2009-05-20 Seminar</h4>
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<strong>Title:</strong> How to become genomes？<br />
<strong>Speaker:</strong> Dr. Zhu Huaiqiu, Department of BME, Peking University<br />
<strong>Venue:</strong> Room 503, College of Art & Communication<br />
<strong>Time:</strong> 10:00，Wednesday, May 20 2009<br />
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<h4>2009-02-25 News</h4>
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热烈祝贺我实验室生物信息学二级学科博士点成立! [查看详情]<br />
欢迎有志于生物信息学研究的同学报考我实验室！ [报考指南]
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<h4>2009-02-12 Awards</h4>
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祝贺我实验室同学在2008年度研究生奖学金评选中获奖！<br />
综合奖学金: 黄一飞(学术优秀型)，吕杰(学术优秀型)，张蕾颖(社会工作型)<br />
求是奖学金：郭洁
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<h4>2008-06-27 Graduation & Admission</h4>
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祝贺我实验室六位同学毕业！<br />
毕业生：雒应琴，周红军，朱蕾，周晓婷，赵森，刘晓<br />
欢迎五位同学加入我实验室！<br />
新同学：李臻，李伟，杨宇飞，闫鹏程，曹建立<br />
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<p class="click_year"><a href="javascript:void(0)" onclick="display('list_2007')">2007 and before</a></p>
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<h4>2007-09-25 Awards</h4>
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祝贺我实验室牛登科副教授入选教育部2007年度“新世纪优秀人才支持计划”（自然科学类）！
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<h4>2006-12-28 Awards </h4>
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祝贺我实验室同学在2006年度研究生奖学金评选中获奖！<br />
综合奖学金: 朱蕾(学术优秀型), 冯靓(学术优秀型)<br />
励耘奖学金: 雒应琴(一等奖), 吴晓梅(二等奖)<br />
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<h4>2006-12-18 Seminar</h4>
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<strong>Title: </strong> Novelties in Genomes<br />
<strong>Speaker: </strong> Dr. Wen Wang (王文), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences<br />
<strong>Venue: </strong> The Bioinformatics Training Center, College of Life Sciences<br />
<strong>Time: </strong> 10:30-11:30, Friday, Dec 22 2006<br />
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<h4>2006-12-18 Seminar</h4>
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<strong>Title: </strong>Evolution of spliceosomal introns and alternative splicing<br />
<strong>Speaker: </strong>Dr. Scott Roy, Allan Wilson Centre for Molecular Ecology and Evolution, Massey University<br />
<strong>Venue: </strong>The Bioinformatics Training Center, College of Life Sciences<br />
<strong>Time: </strong>13:00-16:00, Wednesday, Dec 20 2006
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<h4>2006-12-18 Seminar</h4>
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<strong>Title: </strong>New Genes Behind Males: Results from Computational Genomics and Gene Replacement Experiments<br />
<strong>Speaker: </strong>Prof. Dr. Manyuan Long (龙漫远), Department of Ecology and Evolution, Committee on Genetics, The University of Chicago<br />
<strong>Venue: </strong>The Bioinformatics Training Center, College of Life Sciences<br />
<strong>Time: </strong>10:30-11:30, Tuesday, Dec 19 2006
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<h4>2006-05-17 Seminar</h4>
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<strong>Title: </strong>Assigning Orthologous Duplicated Genes through Duplication Models<br />
<strong>Speaker: </strong>Zhang Luoxin (Associate Professor), Department of Mathematics, National University of Singapore<br />
<strong>Venue: </strong>Room 504, College of Life Sciences<br />
<strong>Time: </strong>16:00, Wednesday, May 17 2006
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<h4>2005-04-20 Seminar</h4>
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新加坡基因组研究院刘建华博士来我实验室进行学术交流及合作洽谈！
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<h4>2005-03-23 Seminar</h4>
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美国哥伦比亚大学机器学习中心Phil Long博士到我实验室进行学术指导与交流，<br />
报告及讨论内容将主要涉及：机器学习如何应用于蛋白-蛋白相互作用分析等。
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<h4>2004-11-23 Seminar</h4>
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应林魁副教授邀请新加坡国立大学计算机学院、新加坡信息与通讯研究院Lim Soon Wong教授和新加坡基因组研究院Prasanna R Kolatkar教授来我院进行学术交流和学术报告。<br />
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报告时间：2004.11.23 8:30 - 11:30<br />
报告人： Lim Soon Wong<br />
报告题目： Gene finding and gene feature recognition<br />
报告地点：生物信息学培训中心<br />
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报告时间：2004.11.23 14:30 - 17:00<br />
报告人： Prasanna R Kolatkar<br />
报告题目： Experimantal on the X-ray structures of 2 protein with domain swapping<br />
报告地点：生物信息学培训中心<br />
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<h4>2004-07-31 News</h4>
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热烈祝贺第一届“国家生命科学与技术人才培养基地生物信息学教师暑期研讨班”圆满结束！诚挚的感谢创腾科技有限公司、SGI公司和教育部高等教育出版社的大力支持！
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© Laboratory of Computational Molecular Biology, College of Life Sciences, Beijing Normal University
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