sname="nuclei_1_R1.lane1.ce11.01.sorted.pairs.restricted.gz"

# pairtools sort --nproc 10 -o nuclei_1_R1.lane1.ce11.01.sorted.pairs.gz nuclei_1_R1.lane1.ce11.01.pairs.gz

python -m profile -s cumtime ~/.conda/envs/pairtools_test/bin/pairtools dedup \
    --max-mismatch 3 \
    --mark-dups \
    --output \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.nodups.pairs.gz \
            --output-sam test.nodups.bam \
         ) \
    --output-unmapped \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.unmapped.pairs.gz \
            --output-sam test.unmapped.bam \
         ) \
    --output-dups \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.dups.pairs.gz \
            --output-sam test.dups.bam \
         ) \
    --output-stats test.dedup.stats \
    $sname > pairtools_profile_old.txt
    
echo "done with old way"

python -m profile -s cumtime ~/.conda/envs/pairtools_test/bin/pairtools dedup \
    --max-mismatch 3 \
    --mark-dups \
    --p1 "rfrag1"\
    --p2 "rfrag2"\
    --output \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.nodups.pairs.gz \
            --output-sam test.nodups.bam \
         ) \
    --output-unmapped \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.unmapped.pairs.gz \
            --output-sam test.unmapped.bam \
         ) \
    --output-dups \
        >( pairtools split \
            --output-pairs test.dups.pairs.gz \
            --output-sam test.dups.bam \
         ) \
    --output-stats test.dedup.stats \
    $sname > pairtools_profile_new.txt