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README.org

File metadata and controls

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ORG-REF 中文使用说明

简要介绍

org-ref 是 emacs orgmode 和 latex 模式使用的引用管理软件包，它不仅可能有效的管理参考文献，还可以管理 orgmode 的其它链接，并将其转化成 pdf 或者网页模式。org-ref 还可以通过 crossref, google scholar, doi, isbn 等直接查找并添加 reference 到 bib 文件中。对于学术研究来说，org-ref 还是一个非常方便的笔记软件，他与其它笔记软件相比，主要是依靠强大的 orgmode 的笔记整理功能，可以分类，标注，查询，整理并导出，而这所有的一切全都依靠纯文本的 org 文件。

由于 org-ref 运行在 emacs 的 orgmode 模式下面，而 org-mode 的强大更加让 org-ref 成为了强大的文献管理工具。你如果要开始写论文了，那么从计划的制定、文献阅读、笔记记录和整理、论文的写作、数据的处理、图表的生成和处理、程序的编写调试运行并集成到你的论文中一气呵成，没有任何需要离开 emacs 的地方。

详细内容请看官方网站：org-ref

安装使用

spacemacs

推荐使用Spacemacs， 它让 emacs 的使用配置不再那么高高在上, Spacemacs 也有中文网站对其使用进行指导，请见子龙山人的https://github.com/zilongshanren, 子龙山人对 emacs 中文化，spacemacs 的介绍做出了很大的贡献，创建了emacs 中文社区。 在 spacemacs 里面，只需要在 layer 里面添加: bibtex layer,并 spc f e R 就可以完成安装，安装完成后需要进行简单的配置：

(defun dotspacemacs/layers()
  (dotspacemacs-configuration-layers
   '(
     (bibtex :variables
             bibtex-completion-pdf-field "file"
             ;;如果你想用 ivy 进行文献的插入管理，请使用 org-ref-default-bibliography
             org-ref-default-bibliography 'org-ref-ivy-cite
             bibtex-completion-bibliography "~/git/pdfs/fishway/fishway.bibfishway.bib"
             bibtex-completion-library-path "~/git/pdfs/fishway"
             org-ref-notes-directory "~/git/notes"
             org-ref-bibliography-notes "~/git/article-note.org"
             bibtex-completion-notes "~/git/article-note.org"
             org-ref-pdf-directory "~/git/pdfs/fishway"
             org-ref-default-bibliography "~/git/pdf/fishway/fishway.bib"
             )
))

以下是官方的配置，我将此配置已经全部写到 spacemacs 的配置里面去了，所以以下配置你可以忽略。

(setq reftex-default-bibliography '("~/Dropbox/bibliography/references.bib"))
;; see org-ref for use of these variables
(setq org-ref-bibliography-notes "~/Dropbox/bibliography/notes.org"
      org-ref-default-bibliography '("~/Dropbox/bibliography/references.bib")
      org-ref-pdf-directory "~/Dropbox/bibliography/bibtex-pdfs/")

如果您的 bib 文件来自于 zoter,jabref 或者 mendely, 详细设置请参考helm-bibtex ,需要作如下单独设置：

(defun my/org-ref-open-pdf-at-point ()
   "Open the pdf for bibtex key under point if it exists."
   (interactive)
   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
          (key (car results))
          (pdf-file (car (bibtex-completion-find-pdf key))))
     (if (file-exists-p pdf-file)
         (org-open-file pdf-file)
       (message "No PDF found for %s" key))))

 (setq org-ref-open-pdf-function 'my/org-ref-open-pdf-at-point)

对于 Mendeley 用户来说，需要作如下单独设置：

(setq org-ref-open-pdf-function 'org-ref-get-mendeley-filename)

使用

如果你的配置没有问题，使用 org-ref 需要打开，或者新建一个 org 文件，例如：

#+include: ../head.org 
#+latex_class: elsarticle
#+latex_class_options:[5p] 
#+options: title:nil author:nil
#+title: Title 
#+Author: Xiaoyun Yu 
#+BEGIN_abstract
Abstract Content
#+END_abstract
#+BEGIN_keyword
Keyword1, keyword2, \cdots
#+END_keyword
#+include: ../authors.org

* Introduction

* Methodology 

* Model

* Conclusion and Discussion

* References
bibliography:~/git/pdf/fishway/fishway.bib
bibliographystyle:unsrt

以上模板需要参照你自己的情况进行修改: 模板下载 。 然后在您需要插入参考文献的位置按：C-c ], 就可以弹出参考文献列表，此时你可以输入关键字，helm 会为你选择并定位你需要处理的参考文献条目，如果您只需要插入文献，直接按 ret(回车)，如果您需要其它的操作，请按 tab 键，会弹出菜单让你选择相应的操作，比如你要添加笔记，你需要打开 pdf 等相关的操作。

当你插入参考文献的条目后，在 org 里面会显示一个链接，光标移动到此链接上时，会在 Emacs 的底部显示文献的内容。也可以用鼠标点此链接选择菜单相应的内容（当然在 emacs 里面操起鼠标，显得太俗，所以 spacemacs 里面的 vim 模式，可以轻松的回车选择菜单进行操作）。

资源

1. 子龙山人的 emacs book 2. Org-ref 3. helm-bibtex 4. kitchin Research Group 是一个专门讨论用 emacs, orgmode, org-ref 写学术论文的站点

使用反馈

其它

如何在 emacs 里用系统程序打开 pdf

在 emacs 里面有很多看 pdf 文件的办法，但很多时候，在现在的桌面环境里面，用 Window, mac 自身的 pdf 阅读软件依然是很多 emacs 用户的选择，现在介绍一下如何在 emacs 里面用外部程序打开 pdf. 方法是使用 openwith 插件。 在 emacs 里面使用

M-x package-install ret
openwith

完成安装后，运行：

M-x customize-group
ret
openwith

进行设置，有两个变量需要设置。

  1. openwith-associations: ins, file 域填文件类型比如： .pdf, program 域填写打开的程序，比如：
C:\Program Files\Tracker Software\PDF Viewer\PDFXCview.exe

parameters 域里面填写： (file) 用同样的方法添加需要打开的其它类型文件。

  1. openwith mode, 直接点 toggle

设置完成后点上面的 Apply and Save 按纽，对设置进行保存并立即生效。

设置完成后，打开你的配置文件，可以看到如下配置：

(custom-set-variables
 ;; custom-set-variables was added by Custom.
 ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 ;; Your init file should contain only one such instance.
 ;; If there is more than one, they won't work right.
 '(openwith-associations
   (quote
    ((".pdf" "C:\\Program Files\\Tracker Software\\PDF Viewer\\PDFXCview.exe"
      (file)))))
 '(openwith-mode t)
)

如此设置就可以了，对于 mac os 系统和 linux 系统，设置方法类似。而且比在 windows 里面略简单，这里不重复了。

链接管理

在*ux 系统（包括 mac osx)下面,都可以很方便的进行文件或者目录的链接，这样可以让你的文件存储路径与你的访问路径对应起来，一般来说，我们的文件可能存在同步盘里面，也可以分散在很电脑的不同分区，不同的目录，有的甚至目录的级别很深，这样就需要添加一个快捷方式直入主题，找到需要的文件，链接就相当有用了。通常情况下在类*ux 系统下面，我们会使用如下的操作：

ln -s source-file-or-directory-path destination-path-file

但在 windows 下面，且有些不同，可以使用如下的命令：

mklink /j destination-path source-path

这里需要注意的是：1.windows 的路径使用的是’';2.windows 的目标和源路径与*ux 系统的是相反的；3.mklink 还有个选项 /d, 与/j 类似，都是作目录链接，但我理解/d 是硬链接，而/j 是符号连接，因为我最开始用的/d 在本来是已经建立链接目录里面再进行链接，结果异常，换成了/j 就正常了，所以以后建议大家都直接用 /j。 是不是很有用？