Un dwc:PreservedSpecimen qui contient des échantillons de un ou plusieurs taxa #3
Comments
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Je n'étais pas disponible ce matin. Je vais essayer d'intégrer toutes les modifications demandées cet après-midi et faire des tests sur http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3 ensuite. |
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J'ai modifié http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3. Le résultat est correct en ce qui concerne le format JSON et la pluralité des taxons dans un flacon. MAIS Il y a un problème remonté par JSON-LD Playground: jsonld.InvalidUrl: Dereferencing a URL did not result in a valid JSON-LD object. Possible causes are an inaccessible URL perhaps due to a same-origin policy (ensure the server uses CORS if you are using client-side JavaScript), too many redirects, a non-JSON response, or more than one HTTP Link Header was provided for a remote context. |
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Je constate le problème avec le Playground, mais ça va bien avec Titanium, utilisé dans semantic_forms : <https://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2/occurences/stations/6252>
a <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Identification> , <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurence> ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/iri/toTaxon>
<http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/767/13.0> ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>
"Eiseniella tetraedra" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>
"Sarah Guillocheau" .je voudrais avoir un préfixe d'URI par table SQL , donc ici Distiller mentionne aussi un problème:
Je vais quand même regarder (par dichotomie) ce qui provoque ces messages, mais pour moi on peut avancer et Je ne ferme pas encore l'issue ... mais ça va plutôt bien ... |
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Je prends le début du JSON de l'API, et le problème sur Playground se manifeste aussi: {
"@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
"@graph": [
{
"@id": "879",
"@type": "UndergroundCavity",
"name": "Balcourt (Trou de)",
"dct:hasPart": [
{
"@id": "2198",
"@type": "Point",
"rdfs:label": "station_879-2176",
"locates": [
{
"@id": "22895",
"@type": [
"dwc:PreservedSpecimen"
],
"event date": "2020-09-20",
"dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo",
"dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
"dwc:materialSampleID": "22987",
"dct:hasPart": [
{
"@type": [
"dwc:Occurence",
"dwc:Identification"
],
"@id": "9582",
"dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus",
"dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
"identified by": "Bernard Lips"
}
]
}
]
}
]
}
]
}A SUIVRE: enlever encore du contenu jusqu'à avoir le problème "chimiquement pur" . Ensuite ce sera soit un problème du Playground qui ne comprend pas ce qui est pourtant légitime, soit Titanium est plus tolérant (pas forcément un problème ! ) . |
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Le problème sur Playground se manifeste encore avec ceci, et donc était là depuis longtemps, mais personne n'avait testé ! {
"@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
"@graph": [
{
"@id": "879",
"@type": "UndergroundCavity"
}
]
}A SUIVRE: analyser le pb . |
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Finalement le problème se manifeste avec Titanium sur le petit JSON précédent , et le problème semble être dans le A SUIVRE !!! |
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Nous avons fait , par copiés collés :( , cette redoutable faute d'orthographe: Mais ça n'a rien à voir avec le problème révélé par Playground ! |
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Je crois comprendre que Playground considère qu'il y a deux "@Contexte" sur la même ligne.et que cela n'est pas acceptable |
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Occurence a été remplacé par Occurrence pour http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2
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Fait : Occurence a été remplacé par Occurrence dans
http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2
Le 06/01/2021 à 12:08, Jean-Marc Vanel a écrit :
…
Nous avons fait , par copiés collés :( , cette redoutable faute
d'orthographe:
ce n'est pas Occurence, mais Occurrence !
cf http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence
Et actuellement nos erreurs , dans le JSON et dans context, ne se
compensent pas et le résultat est faux:
|<https://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2/occurences/stations/6252> a
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Identification> ,
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurence> ; |
Mais ça n'a rien à voir avec le problème révélé par Playground !
A SUIVRE!
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L'absence de virus dans ce courrier électronique a été vérifiée par le logiciel antivirus Avast.
https://www.avast.com/antivirus
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En fait , la ligne 1 de http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 sert à renvoyer au Le problème est dans un sous contexte contenant un PATIENCE, je vais trouver ! |
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J'ai avancé assez pour poser des questions pertinentes à l'auteur Filip du logiciel Titanium. Par contre, je vois dans le résultat actuel <occurences/12112> a <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/PreservedSpecimen> ;
dct:hasPart <occurences/stations/6252> ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inCollection>
"datagc:Josiane/collection" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inDataset>
"datagc:Josiane/speleo" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>
"2016-06-05" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/materialSampleID>
"12141" .Le problème est qu'on a 2 fois la propriété dct:hasPart dans 2 significations très différentes; ce qui n'est pas interdit en soi, mais pose problème avec JSON-LD. |
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Fait : dans :http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 "dct:hasPart" a été remplacé par "dct:spatial" dans le bloc "UndergroundCavity |
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J'ai modifié http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 |"dct:hasPart"| a été
remplacé par | "dct:spatial" dans le bloc ||"UndergroundCavity"|
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Le 14/01/2021 à 10:38, Jean-Marc Vanel a écrit :
…
J'ai avancé assez pour poser des questions pertinentes à l'auteur
Filip du logiciel Titanium.
A ce stade rien me prouve que nous faisions mal; ce qui est sûr ,
c'est que fixer la @base <https://github.com/base> par l'API Java
règle le problème.
Par contre, je vois dans le résultat actuel
http://semantic-forms.cc:1952/json2rdf?src=https%3A%2F%2Fgeb.ffspeleo.fr%2Fapi%2Fapi%2Fv2%2F&context=https%3A%2F%2Fontology.uis-speleo.org%2Fgeb.ffspeleo.fr_context.jsonld
des URLs qui n'ont pas de sens: |<occurences/stations/6252>| :
<occurences/12112> a <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/PreservedSpecimen> ;
dct:hasPart <occurences/stations/6252> ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inCollection>
"datagc:Josiane/collection" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inDataset>
"datagc:Josiane/speleo" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>
"2016-06-05" ;
<http://rs.tdwg.org/dwc/terms/materialSampleID>
"12141" .
Le problème est qu'on a 2 fois la propriété dct:hasPart dans 2
significations très différentes; ce qui n'est pas interdit en soi,
mais pose problème avec JSON-LD.
*Je suis obligé de revenir sur ma demande initiale.*
On va utiliser
https://www.dublincore.org/specifications/dublin-core/dcmi-terms/#http://purl.org/dc/terms/spatial
pour l'usage , justement , spatial, et garder dct:hasPart pour
indiquer un spécimen identifié dans le lot matériel.
***@***.******@***.***": "UndergroundCavity","name": "Balcourt (Trou de)",
"dct:spatial": [ { ***@***.***": "2198", ***@***.***": "Point", "rdfs:label":
"station_879-2176", "locates": [ { ***@***.***": "22895", ***@***.***": [
"dwc:PreservedSpecimen" ], "event date": "2020-09-20",
"dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo", "dwciri:inCollection":
"datagc:Josiane/collection", "dwc:materialSampleID": "22987",
"dct:hasPart" : [ { ***@***.***": [ dwc:Occurrence, dwc:Identification ] ,
***@***.***": "333333", "dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus",
"dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
"identified by": "Bernard Lips" } ] }, |
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Comment tirer parti des informations présentes, représentant la pluralité des taxons déterminés dans un flacon?
Actuellement nous avons dans v3 , API https//geb.ffspeleo/api/api/v3 qui sert d'API de test.
Je propose
A NOTER
Discussion
Une fois de plus Darwin Core et https://github.com/darwin-sw/dsw ne nous aident guère .
Il y a bien la notion de dsw:Token , mais ça ne cadre pas directement avec notre cas , lequel n'a rien d'inusuel !
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