Projekt Bakteriofagi

Wprowadzenie

W projekcie skupiamy się nad opracowaniem narzędzia wspierającego rozwój fagoterapii. Polega ona na wykorzystaniu fagów (wirusów bakteryjnych), które poprzez namnażanie się we wrażliwej komórce bakteryjnej, prowadzą do jej całkowitego zniszczenia oraz replikacji cząstek fagowych, zdolnych do atakowania kolejnych komórek bakteryjnych (cykl lityczny). Terapia fagowa okazuje się być odpowiedzią na infekcje wywoływane przez lekokooporne szczepy bakterii. Efektywność fagoterapii jest uzależniona m.in. od: szczepu bakterii wywołującej infekcję, jej wrażliwości na swoiste fagi, siły litycznej bakteriofaga, stopnia koncentracji bakterii i faga, dostępności bakteriofaga do miejsca infekcji, rodzaju infekcji, czasu podania fagów oraz od prowadzonej równocześnie antybiotykoterapii.

Cele projektu

• Wizualizacja danych
• Stworzenie klasyfikatora - czy fag będzie lityczny (Virulent) czy łagodny (Temperate)

Niezbędne kroki

1. Pozyskanie danych i sekwencji
2. Oczyszczanie
3. Wektoryzacja TF-IDF/W2V/FT
4. Wizualizacja w 3D (do badania dystansu między bakteriofagami) Plotly z PCA/UMAP
5. Stworzenie modelu klasyfikacji

Dane

Dane pochodzą z otwartej bazy NCBI (National Center for Biotechnology Information)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Przydatne linki

• What is Bacteriophage?
• How to Name and Classify Your Phage: An Informal Guide
• Nucleic Acids
• Virus Activity Detector for Education and Research (VADER)
  

Informacja na temat ostatnich postępów i zmian w projekcie znajduje się na stronie Notatki ze spotkań