La licence BSD 3-clause est pas mal. On peut la trouver ici.
Organisation du dépôt :
volcano/ répertoire contenant les fichiers du serveur web
README.md notice d'installation et d'utilisation
requirements.txt paquets Python à installer avec pip
Un exemple de README.md
- Zurb Foundation : doc d'installation
- Twitter Bootstrap : doc d'installation
Tri des colonnes et moteur de recherche
Il en existe d'autres.
Pour la conversion d'un numéro d'accession vers un autre
La conversion d'un numéro d'accession vers un autre peut se faire en ligne sur le site d'UniProt, via l'outil Retrieve/ID mapping. Il faut copier/coller des identifiants dans la zone Provide your identifiers puis sélectionner les options From (par exemple GI number) et To (par exemple UniProtKB, pour obtenir les identifiants UniProt).
Cette fonctionnalité est également disponible sous la forme d'une API. Quelques exemples de l'utilisation de l'API sont disponibles dans le script Python 3 uniprot_map_identifiers.py.
Attention, un même identifiant GI peut conduire à deux protéines dans UniProt, en général avec le status reviewed et unreviewed. Si c'est le cas, ne prendre que la protéine reviewed.
Par ailleurs, les informations d'une protéine sont directement accessibles via une URL. Par exemple, pour la protéine P12345 :
- La fiche de la protéine : http://www.uniprot.org/uniprot/P12345
- La même chose au format TXT http://www.uniprot.org/uniprot/P12345.txt
- La même chose au foramt XML http://www.uniprot.org/uniprot/P12345.xml
Voir la documentation Retrieving individual entries pour plus d'exemples.