Update update_inputs.Rmd

#only remove duplicates which do not have information regarding management #156

src/Vespa velutina management/update_inputs.Rmd

@@ -249,25 +249,25 @@ hierdoor komt 1 van de 2 meldingen van de duplicaten check niet langer voor
 in de gekuiste dataset (zie `dupli_missing_ID1` & `dupli_missing_ID2`). 
 In uitzonderlijke gevallen missen beide meldingen (zie `dupli_missing_both`). 
 ```{r IASSET: duplicaten prep}
-#selecteer duplicaten paren op basis van script Diego
+##selecteer duplicaten paren op basis van script Diego
 dupli_nest_iasset <- dupli_nest_iasset_raw %>% 
   filter(is_duplicate == 1) 
 
-#checken of alle paren nog volledig in opgekuiste databank (zonder duplicaten) zitten
-#duplicaatparen waarvan ID1 reeds als duplicaat was aangeduid in iasset databank
+##checken of alle paren nog volledig in opgekuiste databank (zonder duplicaten) zitten
+##duplicaatparen waarvan ID1 reeds als duplicaat was aangeduid in iasset databank
 dupli_missing_ID1_test <- dupli_nest_iasset %>% 
   filter(!ID1 %in% data_nest_iasset$id)
 
-#duplicaatparen waarvan ID2 reeds als duplicaat was aangeduid in iasset databank
+##duplicaatparen waarvan ID2 reeds als duplicaat was aangeduid in iasset databank
 dupli_missing_ID2 <- dupli_nest_iasset %>% 
   filter(!ID2 %in% data_nest_iasset$id)
 
-#duplicaatparen waarvan ID1 en ID2 ontbreken in opgekuiste iasset databank
+##duplicaatparen waarvan ID1 en ID2 ontbreken in opgekuiste iasset databank
 dupli_missing_both <- dupli_nest_iasset %>% 
   filter(!(ID2 %in% data_nest_iasset$id) & !(ID1 %in% data_nest_iasset$id)) %>% 
   write_csv("./data/interim/Vespa_iAsset_dupli_missing_both.csv")
 
-#duplicaten waarvan beide ID's nog in opgekuiste dataset zitten
+##duplicaten waarvan beide ID's nog in opgekuiste dataset zitten
 dupli_nest_iasset <- dupli_nest_iasset %>% 
   filter((ID2 %in% data_nest_iasset$id) & (ID1 %in% data_nest_iasset$id))
 
@@ -278,7 +278,7 @@ test_mutiple_1 <- dupli_missing_both %>%
   filter(ID1 %in% dupli_nest_iasset$ID1 | ID2 %in% dupli_nest_iasset$ID1)
 
 ## duplicaten waarvan 1 deel van de set reeds als duplicaat in iasset geflagged 
-# werdt 
+# werd
 test_mutiple_2 <- dupli_missing_both %>% 
   filter(!ID1 %in% dupli_nest_iasset$ID1 | !ID2 %in% dupli_nest_iasset$ID1) %>% 
   filter(ID1 %in% data_nest_iasset$id | ID2 %in% data_nest_iasset$id)
@@ -305,8 +305,17 @@ table(test_mutiple_3$duplicaat, useNA = "ifany") #=> alle ids in deze set werden
 ```
 
 ```{r IASSET: remove duplicaten}
+#obtain list of all managed nests
+managed_nests <- data_nest_iasset%>%
+  filter(result=="succesvol")%>%
+  select(id)
+
+#only remove duplicates which do not have information regarding management
+dupli_nest_iasset <- dupli_nest_iasset%>%
+  mutate(duplicate_to_remove=case_when(!(ID1 %in% managed_nests$id) & (ID2 %in% managed_nests$id) ~ ID1,
+                                       TRUE ~ ID2))
 data_nest_iasset <- data_nest_iasset %>% 
-  filter(!id %in% dupli_nest_iasset$ID2) 
+  filter(!id %in% dupli_nest_iasset$duplicate_to_remove) 
 ```
 
 ```{r IASSET: Export}