Seurat,scanpy等分析工具为空间转录的分析和可视化提供了强大的API,但仅支持主流的10x Visium,Slide-seq v2等平台,无法适用于自研的空间转转录组测序平台。在这里推出spatial_tools,应用于自研空间转录组平台(如:S1000)的可视化及交互。主要功能和特点:
- 离散型/连续性变量的绘图,分面,仅展示某些cluster等
- 输入支持AnnData对象或pd.DataFrame对象
- 局部放大功能
- 自定义展示(可自定义展示高清He,低清He,或不展示He)
- 交互功能(如:可使用dash的选框或套索工具获取选择的barcode列表等)
- 自定义强(支持自定义配色,透明度,标题,图例调整等)
- 可迅速迭代,将逐步完善功能
安装:使用pip直接安装:
pip install SpatialTools