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jmzhang1911/SpatialTools

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SpatialTools - spatial tools for S1000

Seurat,scanpy等分析工具为空间转录的分析和可视化提供了强大的API,但仅支持主流的10x Visium,Slide-seq v2等平台,无法适用于自研的空间转转录组测序平台。在这里推出spatial_tools,应用于自研空间转录组平台(如:S1000)的可视化及交互。主要功能和特点:

  • 离散型/连续性变量的绘图,分面,仅展示某些cluster等
  • 输入支持AnnData对象或pd.DataFrame对象
  • 局部放大功能
  • 自定义展示(可自定义展示高清He,低清He,或不展示He)
  • 交互功能(如:可使用dash的选框或套索工具获取选择的barcode列表等)
  • 自定义强(支持自定义配色,透明度,标题,图例调整等)
  • 可迅速迭代,将逐步完善功能

安装:使用pip直接安装:

pip install SpatialTools

通过网页访问:https://spatialtoolsvision.onrender.com/

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