Use nf-core nfvalidation subworkflow #222
Merged
This check has been archived and is scheduled for deletion.
Learn more about checks retention
GitHub Actions / JUnit Test Report
failed
Oct 16, 2023 in 0s
1 tests run, 0 passed, 0 skipped, 1 failed.
Annotations
Check failure on line 1 in Run with profile test
github-actions / JUnit Test Report
Run with profile test
Assertion failed:
1 of 1 assertions failed
Raw output
Nextflow stdout:
WARN: Access to undefined parameter `monochromeLogs` -- Initialise it to a default value eg. `params.monochromeLogs = some_value`
ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_FASTQ_FTP (SRX9626017_SRR13191702)'
Caused by:
Process `NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_FASTQ_FTP (SRX9626017_SRR13191702)` terminated with an error exit status (28)
Command executed:
curl \
--retry 5 --continue-at - --max-time 1200 \
-L ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR131/002/SRR13191702/SRR13191702_1.fastq.gz \
-o SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz
echo "89c5be920021a035084d8aeb74f32df7 SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz" > SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz.md5
md5sum -c SRX9626017_SRR13191702_1.fastq.gz.md5
curl \
--retry 5 --continue-at - --max-time 1200 \
-L ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR131/002/SRR13191702/SRR13191702_2.fastq.gz \
-o SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz
echo "56271be38a80db78ef3bdfc5d9909b98 SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz" > SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz.md5
md5sum -c SRX9626017_SRR13191702_2.fastq.gz.md5
cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
"NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_FASTQ_FTP":
curl: $(echo $(curl --version | head -n 1 | sed 's/^curl //; s/ .*$//'))
END_VERSIONS
Command exit status:
28
Command output:
(empty)
Command error:
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:03:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:04:22 --:--:-- 0
curl: (28) Failed to connect to ftp.sra.ebi.ac.uk port 21 after 262511 ms: Connection timed out
Work dir:
/tmp/tests/43c93c12addeff383f5117a3a3a7f48d/work/1d/88f20c4da477fe2d466ae6a16e0179
Tip: you can replicate the issue by changing to the process work dir and entering the command `bash .command.run`
-- Check '/tmp/tests/43c93c12addeff383f5117a3a3a7f48d/meta/nextflow.log' file for details
WARN: =============================================================================
Please double-check the samplesheet that has been auto-created by the pipeline.
Public databases don't reliably hold information such as strandedness
information, controls etc
All of the sample metadata obtained from the ENA has been appended
as additional columns to help you manually curate the samplesheet before
running nf-core/other pipelines.
===================================================================================
WARN: Killing running tasks (1)
Nextflow stderr:
Loading